慢性結膜炎的主要體征為眼分泌物增多和結膜充血。分泌物不多，為黏液性。晨起時，眼角有分泌物。白天，眼角可見白色泡沫狀分泌物。結膜充血主要為睑結膜充血，炎症持續日久者，結膜可變厚，但無瘢痕及血管翳。
最常見也最容易被誤診為慢性結膜炎的疾病是干眼症。與慢性結膜炎一樣，干眼症也有眼分泌物增多和結膜充血的表現。兩者的鑒別需要由臨床醫生結合患者的病史及專科檢查結果（如淚膜破裂時間測定、淚液分泌功能測試等）來判斷，不具備相應眼科專業知識的老百姓很難將兩者區分開。在此提醒廣大患者，如果有長時間眼分泌物增多和結膜充血症狀，不要想當然地認為就是患了慢性結膜炎，並自行用藥，一定盡早去正規醫院就診。
沙眼與慢性結膜炎
相似症狀：異物感、干燥和燒灼感。
沙眼是由沙眼衣原體感染所致的一種慢性傳染性結膜角膜炎。慢性期沙眼與慢性結膜炎在表現上有相似性，都表現為異物感、干燥和燒灼感。兩者最主要的區別在於慢性沙眼常有角膜血管翳，反復多次感染沙眼衣原體，會加重原有的沙眼血管翳及瘢痕形成。
過敏性結膜炎與慢性結膜炎
相似症狀：眼癢、紅、腫。
眼睛奇癢難忍是大多數過敏性結膜炎患者的共同感受，而慢性結膜炎也常有眼睛癢、紅、腫的症狀，兩者非常容易混淆。過敏性結膜炎是結膜對外界過敏原的一種超敏免疫反應。常見的過敏原包括：花粉、塵螨、毛發等。治療過敏性結膜炎首選抗過敏眼藥，與慢性結膜炎的治療方法完全不同。臨床上，因眼癢去醫院就診，結果被誤診為慢性結膜炎的過敏性結膜炎患者很多。尤其是常年過敏性結膜炎患者，因長期得不到正確治療，不適症狀一直持續存在。