多數沙眼根據乳頭、濾泡、上皮角膜炎、血管翳、角膜緣濾泡、Herbert小凹等特異性體征可以作出診斷。由於睑結膜的乳頭增生和濾泡形成並非為沙眼所特有，因此早期沙眼的診斷在臨床病變尚不完全具備時較困難，有時只能診斷“疑似沙眼”，要確診須輔以實驗室檢查。
沙眼會引起上睑下垂
沙眼患者以慢居多，但在這過程中也經常會急性發作，所以就會出現重復感染的問題，而重復感染就會加重原有的沙眼血管翳及瘢痕形成，甚至睑板肥厚變形，引起睑內翻倒睫，加重角膜的混濁，損害視力，甚至失明。除重復感染外，合並其他細菌性感染，也使病情加重。
沙眼感染早期即可出現上睑提舉無力呈欲睡狀，也就是上睑下垂。早期是因為沙眼引起的浸潤、充血、水腫而使上睑重量增加和米勒氏肌被侵犯所致。晚期則由於米勒氏肌被破壞、瘢痕形成、失去收縮能力而成永久性上睑下垂。
沙眼檢查介紹
沙眼是由沙眼衣原體引起的一種慢性傳染性結膜角膜炎。因其在睑結膜表面形成粗糙不平的外觀，形似沙粒，故名沙眼。沙眼的英文詞trachoma來源於希臘文trachys，也表示粗糙不平的意思。
（1）塗片檢測衣原體包涵體：近年有報告用Papanicolaon染色法檢測沙眼衣原體包涵體，敏感性83%，方法簡便，是最常用的篩選方法，可用於高危人群的篩選。
（2）細胞培養法：認為是檢測沙眼衣原體的金標准，但費時，且要求一定的設備技術條件，難作為臨床常規檢測手段。
2、分子生物學方法原位雜交法檢測宮頸或直腸活檢標本中沙眼衣原體DNA。亦可用PCR法檢測，可明顯提高檢測敏感性，且可用於鑒定其種及血清型，可用於診斷、療效判斷及流行病學調研，此方法檢出率高於其他方法。亦有報告用熱啟動聚合酶鏈反應（hotstartPCR，HSPCR），可明顯降低非特異性擴增，減少假陽性反應。