診斷
典型的沙眼，臨床上根據睑結膜有乳頭和濾泡增生，角膜血管翳及結膜瘢痕的出現，較容易診斷。對早期沙眼的診斷尚有一定困難。有時只能初步診斷為“疑似沙眼”。根據1979年中華醫學會眼科分會的決定，沙眼診斷依據為：①上穹隆部和上睑板結膜血管模糊充血，乳頭增生或濾泡形成，或二者兼有。②用放大鏡或裂隙燈檢查可見角膜血管翳。③上穹隆部或/和上睑結膜出現瘢痕。④結膜刮片有沙眼包涵體。在第1項的基礎上，兼有其他3項中之一者可診斷沙眼。
疑似沙眼者：上穹隆部及眦部結膜充血，有少量乳頭(乳頭為正常組織)增生或濾泡，並已排除其他結膜炎者。
鑒別診斷
1.結膜濾泡症(conjunctival folliculosis)常見於兒童，皆為雙側，無自覺症狀。濾泡多見於下穹隆部與下睑結膜。濾泡較小，大小均勻相似，半透明，境界清楚，濾泡之間的結膜正常，不充血，無角膜血管翳，無瘢痕發生。沙眼的濾泡多見於上穹隆部與上睑結膜，混濁不清、大小不等、排列不整齊，並有結膜充血和肥厚等症狀。
2.慢性濾泡性結膜炎(chronic follicular conjunctivitis) 常見於學齡兒童及青少年，皆為側，顆粒桿菌(B.granulosis)可能為其病因。晨起常有分泌物，眼部有不適感。濾泡多見於下穹隆與下睑結膜，大小均勻，排列整齊;結膜雖充血，但不肥厚;1～2年後自愈，無瘢痕形成;無角膜血管翳。
3.春季結膜炎(vernal conjunctivitis) 此病有季節性，主要症狀為刺癢。睑結膜上的乳頭大而扁平且硬，上穹隆部無病變，易於鑒別。分泌物塗片中可見嗜酸細胞增多。
4.包涵體結膜炎(inclusion conjunctivitis) 成年人與新生兒包涵體性結膜炎在結膜刮片中皆可見包涵體，其形態與沙眼包涵體相同，難以分別。但包涵體性結膜炎皆以急性開始，濾泡皆以下穹隆部與下睑結膜為著，無角膜血管翳，數月至1年即可自愈，並不形成瘢痕，可與沙眼鑒別。