沙眼衣原體大致分為沙眼生物變種，性病淋巴肉芽腫生物變種和鼠生物變種三個生物變種類型。沙眼生物變種專門寄生於人類身體上，而黏膜的鱗狀上皮細胞是最容易被感染的。至於怎樣辨別屬於哪種生物變種類型感染的，細胞培養法是目前生殖道衣原體檢測的最好方法。沙眼衣原體在人與人之間的傳播方式有兩種明顯不同類型：一種主要是手和眼傳播，另一種是通過性接觸傳播的途徑。
1沙眼衣原體通過手和眼的傳播容易造成沙眼，沙眼俗稱髒手病，若是手已接觸過病原，再用手揉眼，病原就會在結膜滋生繁衍。所以千萬不要養成用手揉眼的惡習，如果實在感到眼癢，可用干淨的紙巾或手絹擦拭，平時要勤洗手。
2沙眼衣原體是出名的性傳播致病菌，它會引起急性或慢性感染。夫妻或性伴侶中若有一人懷疑感染了支原體衣原體，雙方應同進到醫院按受檢查和治療。否則，一方治療痊愈後，因夫妻雙方的交叉感染，病症也還會復發。一旦形成惡性循環，對雙方的健康都會有很大的影響。
3另外還有間接接觸感染，這是衣原體感染的一個重要傳播途徑，當接觸了衣原體感染病人用過的毛巾、衣物、浴器、便具等也會感染，因此日常生活中一定要注意生活衛生，減少或杜絕跟患者接觸可預防傳染。
若家中有人得了沙眼，應少到公共場所活動。毛巾和臉盆最好單放，而且要經常煮沸消毒，並在陽光下曬干。忌煙酒辣椒大蒜羊肉等刺激性油膩性東西，飲食上多以清淡類食物為主,內衣褲要單獨洗，熱水燙或用消毒液同時消毒。