成人淋菌性結膜炎潛伏期為10小時至2～3日不等，雙眼或單眼發病。病情急劇發展至浸潤期，眼睑高度紅腫和疼痛；睑結膜高度充血，伴小出血點及假膜形成；球結膜水腫，重者突出於睑裂外；有耳前淋巴結腫痛。病初，分泌物為漿液性或血性，結膜刮片證明上皮細胞內有許多淋球菌存在。約3～5日後，眼睑腫脹有所減輕，變軟，而代之以大量膿性分泌物，自睑裂源源不斷地流出，是為膿漏期。此時，分泌物中有大量淋球菌。
約經2～3周，膿性分泌物逐漸減少，但仍含淋球菌，有感染性；結膜水腫消退，睑結膜高度肥厚、乳頭肥大、表面粗糙，可持續數月之久。然後，炎症消失，睑結膜上可遺留深的瘢痕。角膜並發症幾乎不可避免，除角膜上皮點狀熒光素著染以外，角膜周邊部實質淺層可見部分或全環形浸潤。浸潤與角膜緣間有窄的清亮區相隔，伴輕度前房反應。輕症浸潤數日後消退遺留薄翳。重者形成與免疫介導的邊緣角膜融解相似的環形潰瘍，或中央部潰瘍，角膜彌漫模糊，局部變薄，很快穿孔，虹膜脫出。
新生兒淋菌性結膜炎是新生兒眼炎中最嚴重者，曾為盲童的重要致盲原因。潛伏期2～5日內者多為母親產道感染，出生7日後發病者為產後感染。臨床表現為雙眼劇烈的急性結膜炎，發病初期睑和球結膜水腫、充血，分泌物為水樣、血清樣、血性，但進展很快，發病數小時後即轉為膿漏期，有大量膿性分泌物。重度睑球結膜水腫及炎症。角膜變暗，周邊部浸潤、潰瘍，或中央部潰瘍。潰瘍穿孔，虹膜脫出，眼內發炎，視力喪失。