角膜基質炎一般臨床表現為眼部有疼痛，流淚及畏光，伴有水樣分泌物和眼睑痙攣，視力輕度到重度下降，睫狀充血等。
1、梅毒性角膜基質炎：
先天性梅毒性角膜基質炎，是先天性梅毒最常見的遲發表現，由胎兒在母體內感染，多在青少年時期（5～20歲）發病，成年後發病者極少見。發病初期為單側性，數周至數月後常累及雙眼。可發生於任何種族，女性多於男性。起病時可有眼痛、流淚、畏光等刺激症狀，視力明顯下降。裂隙燈檢查見角膜基質深層有濃密的細胞浸潤及水腫，多從周邊向中央擴展，病變的角膜增厚、後彈力層皺折，外觀呈毛玻璃狀。常伴有虹膜睫狀體炎。炎症持續數周或數月後，角膜浸潤和水腫逐漸吸收，新生血管在角膜板層間呈紅色毛刷狀，可延及角膜全周。炎症消退後，多數患者角膜可恢復透明，少數可遺留厚薄不等的深層瘢痕。萎縮的血管則在角膜基質內留下幻影血管，表現為灰白色纖細絲狀物。還常合並其他的先天性梅毒病體征，如Hutchinson齒、馬鞍鼻、口角皲裂、馬刀胫骨等。
2、結核性角膜基質炎：
結核是引起基質炎的另一個原因，其基質浸潤常表現為扇形、周邊性、單側性、且較為表淺。