第一是查找過敏原難。過敏性結膜炎是因為眼睛結膜黏膜組織接觸了致敏物(醫學上叫做過敏原)產生過敏反應所致。過敏原包括花粉、灰塵、濕冷空氣、塵螨、動物毛發、香皂、香水、化妝品、藥物、隱形眼鏡及其護理液等。一般去除過敏原，通常都能收到很好的效果。然而，大多數患者並不一定能查出確切的過敏原，這就是過敏性結膜炎反復發作，不易徹底治愈的根本原因。
如果一時不能確定過敏原，首先，要改善生活環境，特別是空氣質量，減少室內灰塵，勤換床單、枕巾，使過敏原的影響減輕。其次，要注意營養和鍛煉，增強體質。使身體對抗過敏發作的潛能提高，減少、減緩過敏發作。再次，可采用眼睛局部冷敷的方式，以減輕不適症狀，可用人工淚液點眼，也可通過洗眼來大幅降低過敏原及致敏因子濃度，改善症狀。
第二是藥物治療只能控制過敏症狀。藥物主要包括使用色甘酸鈉、阿樂邁等抗過敏滴眼劑。如經治療，症狀還無緩解，可短期滴用糖皮質激素眼藥水如氟美瞳眼液，可的松眼液等，也可服用抗過敏藥物治療。若合並眼部細菌感染，可局部用抗生素治療。需要指出的是，藥物抗過敏治療只能控制過敏症狀，很難徹底治愈，這也是過敏性結膜炎久治不愈的原因之一。
建議症狀特別嚴重，經過治療多年不愈的病人也可考慮易地療法，也就是從原先住的地區遷移到另外一個較遠的地區居住和生活，可能會收到較好的效果。這是因為遷移到了異地，脫離了原居住地的過敏原的緣故。
過敏性結膜炎一般不影響視力，但眼睛奇癢等症狀對病人的生活卻造成相當大的困擾，患過敏性結膜炎的成年人在兒童時期往往有過敏史，然而由於其症狀如眼紅、流淚、灼熱感等和其他眼部疾病相似，很容易誤診。因此，在這裡特別提醒大家，當您的孩子在某個時段經常揉眼睛，或者出現頻繁的眨眼，很有可能是患上了過敏性結膜炎，需及早診治。