潛伏期5～14天,雙眼患病,多發生於兒童或少期。輕的沙眼可以完全無自覺症狀或僅有輕微的刺癢,異物感和小量分泌物,重者因後遺症和並發症累及角膜,有怕光、流淚、疼痛等刺激症狀,自覺視力減退。
沙眼衣原體主要侵犯睑結膜,最後以瘢痕形成而告終。檢查時其特征如下：
1、血及血管模糊：由於血管擴張,結膜上皮下有彌漫性的淋巴細胞及漿細胞等慢性炎細胞浸潤,使透明的結膜變得混濁肥厚,血管輪廓不清,呈一片模糊充血狀。
2、乳頭肥大：睑結膜面粗糙不平,呈現無數的線絨狀小點,是由擴張的毛細血管網和上皮增殖而成。
3、濾光增生：是結膜上皮下組織在彌漫性浸潤的基礎上,由局限的淋巴細胞聚集而成。初發時,上睑結膜出現散在細致的黃白色小點,不突出於結膜表面,夾雜在肥大的乳頭之間,為沙眼早期診斷依據之一。
4、角膜血管翳：在結膜發生病變的同時,首先角膜上緣的半月形灰白區血管網充血,發生新生血管,伸入透明的角膜上皮與前彈力層之間,各新生血管之間伴有灰白色點狀浸潤,是角膜上皮對沙眼衣原體的一種組織反應,稱為角膜血管翳。它是沙眼早期診斷的依據之一。隨病情進展,血管翳成排向瞳孔區懸垂下來,形似垂簾,當上方血管翳向下越過瞳孔區時,角膜其他方向亦都長出血管翳向中央進行,布滿整個角膜。細胞浸潤嚴重時,可形成肥厚的肉樣血管翳。（pannus crassus）,嚴重影響視力。
5、瘢痕形成：當沙眼進行數年甚至數十年,所有炎性病變如濾泡、乳頭,將發生破潰或壞死,而逐漸被結締組織所代替,形成瘢痕,這標志著病變已進入退行期。
沙眼的病程,因感染輕重和是否反復感染有所不同。輕者或無反復感染者,數月可愈,結膜遺留薄瘢或無明顯瘢痕。反復感染者,病程可纏綿數年至數十年之久。