斜視手術後遺症最多的就是術後過矯或是矯正不足，如果超過一定程度則需要再做二次手術。孩子由於斜視而導致雙眼視功能喪失，如果術後不能及時建立，那麼遠期不能很好控制眼位，同樣存在再次偏斜可能。醫生一般會建議雙眼視功能不佳的孩子術後進行相關訓練，以鞏固療效。有些孩子手術以後，還可能有一段時間的復視，有些短時間自然消失，有些需要進行恢復訓練。
所有斜視中，除了調節性內斜視不需手術治療外，大多數斜視類型只能通過外科手術來治療。斜視手術只是通過改變肌肉的位置來改變肌肉作用眼球的力量從而改變眼位來達到美容和恢復視功能的作用。斜視手術作為眼科中的一個小手術來講，危險性極低。因手術過程是在眼球壁的肌肉上實施手術，並不進入到眼球內，因此對視力不會有任何損傷和影響，因手術是在眼表透明膜上做切口，因此很難遺留瘢痕。
全身麻醉事不會造成斜視手術後遺症，事實上，全身麻醉藥物僅在手術期間暫時地抑制大腦功能。這種大腦功能的暫時抑制，隨著藥物作用的消失是完全能夠恢復的，更不會影響患兒日後的智力發育。為進一步了解全身麻醉對患兒的智力發育究竟有否影響，有的醫生曾作過專門研究。在全身麻醉下，將患兒的體溫降至24～27℃，血液循環停止，施行先天性心髒病矯治手術。術後，將患兒與正常兒童進行對比，隨訪3～11年的結果表明，患兒手術後的智力、身體發育和精神活動，均與對照的正常兒童無明顯差別。
一般斜視手術時間多在1小時之內完成，麻醉不用太深，許多孩子在手術結束後還沒出手術室就醒了，我們兒童醫院每天要作多台手術均需要全麻，臨床事實表明，很多接受全身麻醉的小兒，記憶力很好，學習成績並不下降。因此，對全身麻醉的顧慮是不必要的。
另外斜視手術治療，此類手術很可能會造成過矯或是矯正不足，這個時候就需要再做二次手術了；高度近視造成視網膜脫落，雖然這個機率很小的，但是也要引起注意；手術以後，還可能有一段時間的復視，這個是需要進行恢復訓練的，否則也會造成斜視手術後遺症。
斜視手術進行前需要每位即將接受斜視手術的患者都要反復檢查斜視度，包括角膜映光，同視機，三稜鏡中和等。根檢查結果，認真設計出手術方案。這樣斜視手術後遺症是基本可以避免的。一般說來，只要是做好手術後的護理，斜弱視手術後是不會存在後遺症的。