病因不明，現認為其發病與免疫因素有關。即有感染和自本免疫兩種學說。
感染學說：包括細菌感染說和病毒感染說。穿孔性外傷後，細菌感染經血行或視交叉腦脊液而從一眼轉至另一眼，但未能找到確切的病原體。病毒在激惹免疫反應方面可能起佐劑作用。
免疫學說：眼球穿通傷提供眼內抗原到達局部淋巴結的機會，使眼內組織抗原能接觸淋巴系統而引起自體免疫反應。
交感性眼炎在外傷後的潛伏時間，短者幾小時，長者可達40年以上，90%發生在1年以內，最危險的時間最受傷後4～8周。特別是傷及睫狀體或傷口內有葡萄膜嵌頓，或眼內有異物更容易發生。