總的來說，青光眼在明確診斷後，通過藥物、激光等治療，眼壓仍得不到控制、視神經損傷加重以及視野缺損繼續進展，此時就需要采取手術治療。最常用的手術方式是青光眼濾過性手術，包括小梁切除術等。但對於不同類型的青光眼，手術時機的選擇還要考慮不同因素。
對於閉角型青光眼，主要需要考慮眼壓水平、前房角關閉程度及晶體混濁情況。閉角型青光眼在反復應用降眼壓藥物並行激光周邊虹膜切除術後前房角仍沒有明顯加深且眼壓不能降至正常者，應考慮早期手術治療。晶狀體混濁同樣是青光眼前房角關閉因素之一，故對於此類患者即使視力略高於白內障手術標准，仍應考慮青光眼白內障摘除的聯合手術。
對於開角型青光眼手術時機的選擇，多數醫生主張一旦藥物治療或選擇性激光小梁成形術無法控制原發性開角型青光眼達到目標眼壓水平、視神經損傷及視野缺損持續進展，就應盡早性小梁切除術。除此之外，還需考慮年齡因素，通常年齡越小，傷口愈合越快，瘢痕增生越多，術後濾過泡條件越差，手術成功率越低。
先天性青光眼的患兒在明確診斷後，應立即進行手術治療，對於已行房角切開術或小梁切開術後眼壓仍失控的患兒，也是濾過手術的適應症。一般不考慮藥物治療，原因是藥物對先天性青光眼治療效果差，患兒不能很好配合，長期使用藥物治療對小兒副作用較大。
對於某些繼發性青光眼，如葡萄膜炎性青光眼、外傷後房角後退性青光眼、新生血管性青光眼等，以治療繼發因素為主。當繼發因素控制後眼壓仍不能恢復正常者，此時就需要手術干預。