慢性卡他性結膜炎的治療原則和急性結膜炎相同，由於金黃色葡萄球菌的感染常合並眼睑的炎症，所以單純的短期局部治療常常無效，需長期治療，治療應同時包括眼睑的清潔，可用稀釋的比較溫和的浴液清洗睑緣，晚上用桿菌肽等抗革蘭陽性菌的眼膏；
對病情頑固不愈或伴有酒渣鼻的患者，輔以全身用藥，可口服多黏環素，100mg，1～2次/d，需持續用藥數月之久，由於患者缺乏治療依從性，常常導致治療失敗。
常用的局部抗菌藥物包括多黏菌素B、妥布霉素、環丙沙星、氧氟沙星，對於耐藥金黃色葡萄球菌的感染可用1%甲氧西林滴眼液。
對於非感染因素引起慢性結膜炎，首先要去除病因，改善工作和生活環境，謹慎應用抗菌藥物，以免造成局部菌群失調，加重病情。