由於眼壓升高，患兒又處於快速生長發育中，患眼的眼前段擴張，致使角膜變大、眼球變大、前房加深，角膜直徑可達12～18毫米（正常嬰兒直徑為9.5～10.5毫米），看上去宛如兩粒水泡（因此又稱“水眼”）。
先天性青光眼如不治療或延誤，都將導致完全失明，成為盲童。而且這種失明與其他類型的青光眼一樣都是不可逆的。
先天性青光眼一經確診後就要及早進行手術治療，即使剛出生2~3天的寶寶也是如此。藥物治療僅限於術前的臨時降壓等。目前國際上公認的最佳手術方法為房角切開術和小梁切開術。
由於眼球結構精細，手術需在全身麻醉狀態下，在顯微鏡下進行。以前采用的手術方法是前房角鏡下切開術，效果較差，並發症亦多。現在采用的是較為先進的手術方法：在全身麻醉下施行顯微小梁希氏管切開術或顯微小梁希氏管切開聯合小梁切除術，以重建眼房水流出通路。