如病人有出現眼睑紅腫，睑結膜充血，乳頭濾泡增生，球結膜周邊性充血，有時水腫及結膜下出血，結膜囊內有分泌物時，要確定病源需作分泌物塗片進行細菌和細胞學檢查。
操作方式為，進行結膜上皮刮片及分泌物塗片或培養檢查細菌、真菌、分離病毒等，並做藥物敏感試驗。如果是有刺激症狀的患者，可以用熒光素染色檢查角膜。
對於慢性結膜炎的診斷時，還需要考慮有無屈光不正、煙酒過度、睡眠不足或長期暴露於風沙、煙塵等病史。同時檢查附近組織有無慢性炎症，如慢性淚囊炎等。
對於過敏性結膜炎的檢查，首先要確定過敏源。部分人群的症狀有季節性，比如多發病於草收割或花開季節，一旦接觸，將快速發病；有些人群在接觸某些藥物時，出現奇癢，或睑結膜充血的情況；有些患者是在全身用藥時，出現睑結膜充血、淲泡，球結膜水泡等症狀。由於過敏源非常多，所以現在也不能進行所有過敏源的檢測，不過可以按上述症狀的情況進行一些特別的篩查。