沙眼衣原體是一類在細胞內寄生的微生物，大小約 250-450nm 。 分為 3 個生物型， 小鼠生物型、沙眼生物型和性病淋巴肉芽腫生物型（ LGV 型）。後二者與人類疾病有關。用間接微量免疫熒光試驗，沙眼生物型又分 A 、B 、Ba 、C 、D 、Da 、E 、F 、G 、H 、I 、Ia 、J 、K 14 個血清型， LGV 生物型又有 L1 、L2 、L2a 、L3 4 個血清型。
沙眼衣原體可以導致以下疾病：
（一）沙眼：由衣原體沙眼生物變種 A、B、Ba、C血清型引起。該病發病緩慢，早期出現眼睑結膜急性或亞急性炎症，表現流淚、有粘液膿性分泌物、結膜充血等症狀與體征。
（二）包涵體包膜炎：由沙眼生物變種 D～K血清型引起。包括嬰兒及成人兩種。病變類似沙眼，但不出現角膜血管翳，一般經數周或數月痊愈，無後遺症。
（三）泌尿生殖道感染：經性接觸傳播，由沙眼生物變種 D～K血清型引起。男性多表現為尿道炎，不經治療可緩解，但多數轉變成慢性，周期性加重，並可合並副睾炎、直腸炎等。女性能引起尿道炎、宮頸炎等，輸卵管炎等較嚴重並發症。該血清型有時也能引起沙眼衣原體性肺炎。
（四）性病淋巴肉芽腫：由沙眼衣原體 LGV生物變種引起。該病是一種性病。男性可侵犯腹股溝淋巴結，女性可侵犯會陰、肛門、直腸。