共同性外斜視的確切病因不明確，但認為與解剖因素、機械因素及神經支配因素有關，其中神經支配因素在外斜視發病中可能起重要的作用。從理論上講，原發性共同性外斜視，是來自集合和分開間張力不平衡所引起，Duane首先提出外斜是由神經支配不平衡引起，這種不平衡擾亂了集合和分開之間的相互關系。
先天異常（30%）
包括在孩子出生時的外傷等，顱神經發育異常、神經系統發育遲緩、顱內融合中樞先天異常等;尚包括先天眼外肌肉的位置發育異常、眼外肌本身發育異常或支配肌肉的神經異常等所致。
眼外肌異常（30%）
眼外肌發育過度或發育不全、眼外肌附著點異常，眼眶發育、眶內筋膜結構的異常等，均可導致眼外肌肌力不平衡而產生斜視。
此外，遺傳因素對共同性外斜視發病也有作用，有家族史者斜視的患病率更高。
其他（20%）
某些疾病也可能導致外斜視的發生，如嚴重影響單眼視力者，如先天性白內障、眼底疾病等;其他如雙眼屈光度數差距明顯者。另，全身和發育異常也與外斜視的發病有關：如低體重兒、早產兒、宮內窘迫及神經發育遲緩者。