手術治療蠶蝕性角膜潰瘍的方法：
穿透性角膜移植。一般不用於潰瘍活動期，主要施行於潰瘍靜止後半年以上者，為光學目的而達到改善視力。蠶蝕性角膜潰瘍的穿透性角膜移植，宜采用亞全角膜移植，因遺留的角膜組織變薄，植床不易於與供片縫合，故移植片須大，以便直接與鞏膜緣組織縫合固定。
板層角膜移植術。部分析層角膜（或帶鞏膜）移植常采用半月形或環狀移植，根據潰瘍灶切除的范圍與形狀，確定移植片的形式。植片與植床接合處應操持整齊、貼合，供片略大於植床面約1毫米，瘍潰灶切除應包括附近折前期病變，應在潰瘍緣外約1毫米。靠角膜緣的潰瘍區上下方，切除范圍須超過正常2毫米。雖臨床上肉眼不易辯明病變累及的范圍，而病理檢查證實，上述擴大的切除區內均有前期病變存在，故切除時應比病變區要大。
角膜緣結膜病灶（包括球結膜與上鞏膜病變組織）一並切除，寬約5～6毫米。
環狀板層移植時，中央部島狀角膜周緣因受潰瘍潛掘溝的影響，務求將周圍不健康的組織切除干淨，否則極易復發。
全板層角膜移植適用於潰瘍進展至後期，侵蝕面很廣，中央部角膜殘剩“小島”，周圍已被潰瘍侵蝕而松軟，或潰瘍區已占據角膜圓周3/4區域者。全板層角膜移植仍應帶部分鞏膜。病變角膜及結膜（包括受累的上鞏膜）應徹底清除。
角膜緣結膜切除術包括單純結膜切除，結膜帶球筋膜切除或帶上鞏膜組織切除。近年來多采用潰瘍切割、燒灼、冷凍及結膜聯合切除術。結膜切除的寬度為5～10毫米，組織病理檢查表明，大於5毫米寬度的結膜切除，可以避免病變組織殘留而致復發。結膜與結膜下病變組織切除（包括球筋膜及上鞏膜組織），更為徹底與可靠。應用冷凍，燒灼潰瘍區，對清除病灶與破壞新生血管，促使潰瘍愈合和防止復發較為有利。
手術治療蠶蝕性角膜潰瘍的方法包括板層角膜切除板層角膜切除術的目的是全面清除病變組織，適用於病變范圍較局限的潰瘍，且不受角膜移植材料的限制，較方便易行。然而，對潰瘍侵蝕較深的病例，應慎重對待，以兔由於切除板層而導致角膜穿孔。