在疾病的發展過程中，瞳孔的變化復雜、多變，常預示著病情的變化，仔細觀察瞳孔的變化十分重要。瞳孔顏色就有著預示疾病的作用。
1、瞳孔白色
多見於白內障、虹膜睫狀體炎、青光眼、高度近視，或全身性疾病如糖尿病。也可因外傷所致。更多見的是老年性白內障，據統計，白內障占失明原因的第一位。患白內障時，可以透過角膜發現瞳孔裡出現白色，這是由於晶狀體發生混濁的緣故。
2、瞳孔紅色
常見於眼外傷或某些眼內出血疾患。根據眼內出血的多少瞳孔可呈不同的形態，視力也有不同程度的損害。
3、瞳孔黃色
以手電光或燈光照射瞳孔，眼底深處發出一種像夜間貓眼的黃光反射，醫生稱這類眼病為“黑蒙貓眼”，多半是視網膜母細胞瘤的表現。多見於7、8歲以下的兒童，有一定的家族性和遺傳性，惡性度高，如不及時治療(做眼球摘除)，當撓細胞擴散到顱內、眼球外或遠處髒器時就可致命。少數見於眼內化膿(玻璃體膿病)時。
4、瞳孔青綠色
常見於青光眼。正常眼球內具有一定的壓力，當眼壓過高發生青光眼時，可由於角膜霧狀水腫及眼內一系列改變，使瞳孔發出一種青綠色反光，青光眼(又稱綠內障)即由此得名。眼球會變得像硬橡皮一樣，雙眼脹痛欲裂。