慢性沙眼可反復感染，病程遷延數年至十多年。充血程度雖減輕，但與皮下組織有彌漫性細胞浸潤，結膜顯污穢肥厚，同時有乳頭增生及濾泡形成，濾泡大小不等，可顯膠樣，病變以上穹隆及睑板上緣結膜顯著。
同樣病變亦見於下睑結膜及下穹隆結膜，嚴重者甚至可侵及半月皺壁。
在慢性病程中，結膜的病變逐漸為結締組織所取代，形成瘢痕。最早出現在上睑結膜的睑板下溝處，呈水平白色條紋，以後逐漸呈網狀，待活動性病變完全消退，病變結膜全部成為白色平滑的瘢痕。
沙眼的病程和預後，因感染輕重與是否反復感染有所不同。輕者或無反復感染者，數月可愈，結膜遺留薄瘢或無明顯瘢痕。反復感染的重症病人，病程可纏綿數年至十多年，慢性病種中，可由其他細菌感染和重復感染時則常呈急性發作。最後廣泛結瘢不再具有傳染性，但有嚴重的並發症和後遺症，常使視力減退，甚至失明。