基質性角膜炎是位於層內的炎症，屬非潰瘍性的深層角膜炎。
大多數為先天性梅毒，其次為結核、風濕等感染引起，病原微生物可通過上皮或角膜緣血管直接侵犯角膜；但更多的是抗原-抗體反應結果。
除根據特征性的眼部診斷，還可從其他一些先天性梅毒的體征如馬鞍鼻，Hutchinson氏齒及血清康華氏反應陽性得到證實。
在角膜中央區遺留下不同程度的瘢痕，影響視力；如瘢痕致密或變成扁平角膜時，可嚴重影響視力。角膜新生血管逐漸變細萎縮。多年後，在角膜深層留下極細的灰白色絲狀影子血管，成為本病永存的特殊標志。有的病例因並發虹睫狀體炎，可導致繼發性青光眼。
病程經過緩慢，可成年累月反復加重，最後大部角膜受累。愈後留下較厚的、濃淡不一的瘢痕，視力可嚴重受到影響。
常伴發虹膜炎，虹膜睫狀體炎和脈絡膜炎.通常在1～2個月後炎症和新生血管開始消退，可殘留部分角膜混濁，而使視力減退。