重症沙眼常發生以下後遺症和並發症：
1、沙眼性上睑下垂： 沙眼感染早期即可出現，上睑提舉無力呈欲睡狀。在早期是沙眼引起的浸潤、充血、水腫而使上睑重量增加和米勒氏肌被侵犯所致。晚期則由於米勒氏肌被破壞、瘢痕形成、失去收縮能力而成永久性上睑下垂。 2、睑內翻倒睫 極為常見，由於結膜瘢痕收縮和睑板彎曲畸形，使睑緣向內翻轉，而導致睫毛倒向角膜側生長即倒睫，其刺激角膜引起不適。
3、角膜混濁
角膜是俗稱的黑眼球，嚴重的角膜血管翳及睑內翻倒睫摩擦角膜以致角膜潰瘍，角膜混濁變白，視力下降。
4、睑球粘連
穹窿部因結膜瘢痕收縮而縮短，甚至完全消失，尤以下方穹窿部為顯著，當牽引下睑時在眼睑和眼球間的結膜可見有垂直的皺襞，即為本征。
5、實質性結膜干燥症
由於結膜廣泛結瘢，使杯細胞和副淚腺分泌功能遭到破壞，淚腺管閉塞，以致結膜不能被濕潤，而逐漸干燥，角結膜上皮發生角化，表現為干澀、刺癢等不適。
6、慢性淚囊炎
沙眼病變累及淚道粘膜，鼻淚管發生狹窄或阻塞，導致慢性淚囊炎，表現為流淚、流膿或擠壓鼻根部大量膿液溢出。