沙眼常發生以下後遺症和並發症：
①沙眼性上睑下垂：沙眼感染早期即可出現，上睑提舉無力呈欲睡狀。在早期是沙眼引起的浸潤、充血、水腫而使上睑重量增加和米勒氏肌被侵犯所致。晚期則由於米勒氏肌被破壞、瘢痕形成、失去收縮能力而成永久性上睑下垂。
②睑內翻倒睫：極為常見，由於結膜瘢痕收縮和睑板彎曲畸形，使睑緣向內翻轉，而導致睫毛倒向角膜側生長即倒睫，其刺激角膜引起不適。
③角膜混濁：角膜是俗稱的黑眼球，嚴重的角膜血管翳及睑內翻倒睫摩擦角膜以致角膜潰瘍，角膜混濁變白，視力下降。
④睑球粘連：穹窿部因結膜瘢痕收縮而縮短，甚至完全消失，尤以下方穹窿部為顯著，當牽引下睑時在眼睑和眼球間的結膜可見有垂直的皺襞，即為本征。
⑤實質性結膜干燥症：由於結膜廣泛結瘢，使杯細胞和副淚腺分泌功能遭到破壞，淚腺管閉塞，以致結膜不能被濕潤，而逐漸干燥，角結膜上皮發生角化，表現為干澀、刺癢等不適。
⑥慢性淚囊炎：沙眼病變累及淚道粘膜，鼻淚管發生狹窄或阻塞，導致慢性淚囊炎，表現為流淚、流膿或擠壓鼻根部大量膿液溢出。
沙眼如何防治
沙眼發病率高，為了從根本上控制沙眼的傳播，必須采取以預防為主，防治結合的方針。大力開展衛生宣傳教育，把本病的危害性、傳染途徑、診斷與治療方法，向群眾宣傳，進行群眾性的普遍防治。對傳染性沙眼的多發區尤應預防教育，防止蔓延。加強公共衛生管理，搞好個人及家庭衛生，避免接觸傳染，對服務性場所旅館、浴室、理發、美發等的面巾、浴巾用後應嚴格消毒。在部隊、工廠、學校、托兒所等集體生活單位，應采取有效措施，注意用水清潔，保障水源供應，防止沙眼傳播。養成良好的衛生習慣，注意經常洗手，不用別人的手巾，不用手揉眼，常剪指甲，家庭中洗臉水及毛巾等也不宜合用。
一旦發現沙眼應及時治療。治療方法可選局部用藥，常用眼藥水有0.05%～0.1%利福平、10%～30%磺胺醋酰鈉、0.1%酞丁胺等，每日3～4次，晚上用眼膏1次，如0.5%四環素眼膏、0.5%金霉素眼膏等。全身用藥因用藥時間長和藥量過大，易發生副作用，故很少使用。有時也可采用手術療法。重度沙眼濾泡較多者，可用海螵蛸棒磨擦法及壓搾法治療，操作時應注意消毒，磨擦手法不可過重，切不可損傷角膜，病變嚴重而廣泛時，可分期分階段進行磨擦。此法只起輔助作用，仍要配合藥物治療。嚴重的沙眼並發症，如沙眼性上睑下垂、睑內翻倒睫、睑球粘連等，可以采取手術矯正。角膜血管翳嚴重者可考慮施行角膜緣血管電烙術。中醫治療本病，當內外兼施，輕症可以局部點藥為主，重症則除點眼藥外，宜配合內治，以疏風清熱，活血通絡為基本治法。