潛伏期5～14天，雙眼患病，多發生於兒童或少期。輕的沙眼可以完全無自覺症狀或僅有輕微的刺癢，異物感和小量分泌物，重者因後遺症和並發症累及角膜，有怕光、流淚、疼痛等刺激症狀，自覺視力減退。
沙眼衣原體主要侵犯睑結膜，最後以瘢痕形成而告終。檢查時其特征如下：
血及血管模糊：由於血管擴張，結膜上皮下有彌漫性的淋巴細胞及漿細胞等慢性炎細胞浸潤，使透明的結膜變得混濁肥厚，血管輪廓不清，呈一片模糊充血狀。
乳頭肥大：睑結膜面粗糙不平，呈現無數的線絨狀小點，是由擴張的毛細血管網和上皮增殖而成。
濾光增生：是結膜上皮下組織在彌漫性浸潤的基礎上，由局限的淋巴細胞聚集而成。初發時，上睑結膜出現散在細致的黃白色小點，不突出於結膜表面，夾雜在肥大的乳頭之間，為沙眼早期診斷依據之一。