潛伏期約為5～12日。通常侵犯雙眼。多發生於兒童少年時期。
1.症狀 多為急性發病，病人有異物感、畏光、流淚，很多粘液或粘液性分泌物。數周後急性症狀消退，進入慢性期，此時可無任何不適或僅覺眼易疲勞。如於此時治愈或自愈，可不留瘢痕。但在慢性病程中，於流行地區，常有重復感染，病情加重。角膜上有活動性血管翳時，刺激症狀變為顯著，視力減退。晚期常因後遺症，如睑內翻、倒睫、角膜潰瘍及眼球干燥等，症狀更為明顯，並嚴重影響視力，甚至失明。
2.體征
⑴急性沙眼：呈現急性濾泡結膜炎症狀，睑紅腫，結膜高度充血，因乳頭增生睑結膜粗糙不平，上下穹隆部結膜滿面濾泡，合並有彌漫性角膜上皮炎及耳前淋巴結腫大。數周後急性炎症消退，轉為慢性期。
⑵慢性沙眼：可因反復感染，病程遷延數年至十多年。充血程度雖減輕，但與皮下組織有彌漫性細胞浸潤，結膜顯污穢肥厚，同時有乳頭增生及濾泡形成，濾泡大小不等，可顯膠樣，病變以上穹隆及睑板上緣結膜顯著。同樣病變亦見於下睑結膜及下穹隆結膜，嚴重者甚至可侵及半月皺壁。角膜血管翳：它是由角膜緣外正常的毛細血管網，越過角膜緣進入透明角膜，影響視力，並逐漸向瞳孔區發展，伴有細胞浸潤及發展為淺的小潰瘍，痊愈後可形成角膜小面。細胞浸潤嚴重時可形成肥厚的肉樣血管翳（pannus crassus）。
沙眼濾泡
在慢性病程中，結膜的病變逐漸為結締組織所取代，形成瘢痕。最早出現在上睑結膜的睑板下溝處，呈水平白色條紋，以後逐漸呈網狀，待活動性病變完全消退，病變結膜全部成為白色平滑的瘢痕。
沙眼瘢痕
沙眼的病程和預後，因感染輕重與是否反復感染有所不同。輕者或無反復感染者，數月可愈，結膜遺留薄瘢或無明顯瘢痕。反復感染的重症病人，病程可纏綿數年至十多年，慢性病種中，可由其他細菌感染和重復感染時則常呈急性發作。最後廣泛結瘢不再具有傳染性，但有嚴重的並發症和後遺症，常使視力減退，甚至失明。
為了防治沙眼和調查研究的需要，對沙眼有很多臨床分期的方法。我國1979年全國第二屆眼科學術會討論時，重新制定了沙眼的分期：
ⅰ期——進行期：即活動期，乳頭和濾泡同時並存，上穹隆結膜組織模糊不清，有角膜血管翳。
ⅱ期——退行期：自瘢痕開始出現至大部變為瘢痕。僅殘留少許活動性病變為止。
ⅲ期——完全結瘢期：活動性病變完全消失，代之以瘢痕，無傳染性。
同時還制定了分級的標准：根據活動性病變（乳頭和濾泡）占上睑結膜總面積的多少，分為輕（+）、中（++）、重（+++）二級。占1/3面積以下者為（+），占1/3～2/3者為（++），占2/3以上者為（+++）。
並確定了角膜血管翳的分級法：將角膜分為四等分，血管翳侵入上1/4以內者為（+），達到1/4～1/2者為（++），達到1/3～3/4者為（+++），超過3/4者為（++++）。
角膜血管翳
1.正常血管不侵入透明角膜 2.血管翳（+）
3.血管翳（++） 4.血管翳（+++） 5.血管翳（++++）
國際上較為通用者為maccallan分期法：
ⅰ期——浸潤初期：睑結膜與穹隆結膜充血肥厚，上方尤甚，可有初期濾泡與早期角膜血管翳。
ⅱ期——活動期：有明顯的活動性病變，即乳頭、濾泡與角膜血管翳。
ⅲ期——瘢痕前期：同我國第ⅱ期。
ⅳ期——完全結瘢期：同我國第ⅲ期。