【鑒別診斷】
1.結膜濾泡症（conjunctival folliculosis）常見於兒童，皆為雙側，無自覺症狀。濾泡多見於下穹隆部與下睑結膜。濾泡較小，大小均勻相似，半透明，境界清楚，濾泡之間的結膜正常，不充血，無角膜血管翳，無瘢痕發生。沙眼的濾泡多見於上穹隆部與上睑結膜，混濁不清、大小不等、排列不整齊，並有結膜充血和肥厚等症狀。
2.慢性濾泡性結膜炎（chronic follicular conjunctivitis） 常見於學齡兒童及青少年，皆為側，顆粒桿菌（B.granulosis）可能為其病因。晨起常有分泌物，眼部有不適感。濾泡多見於下穹隆與下睑結膜，大小均勻，排列整齊；結膜雖充血，但不肥厚；1～2年後自愈，無瘢痕形成；無角膜血管翳。
3.春季結膜炎（vernal conjunctivitis） 此病有季節性，主要症狀為刺癢。睑結膜上的乳頭大而扁平且硬，上穹隆部無病變，易於鑒別。分泌物塗片中可見嗜酸細胞增多。
4.包涵體結膜炎（inclusion conjunctivitis） 成年人與新生兒包涵體性結膜炎在結膜刮片中皆可見包涵體，其形態與沙眼包涵體相同，難以分別。但包涵體性結膜炎皆以急性開始，濾泡皆以下穹隆部與下睑結膜為著，無角膜血管翳，數月至1年即可自愈，並不形成瘢痕，可與沙眼鑒別。
【預防】
沙眼衣原體常附在病人眼的分泌物中，任何與此分泌物接觸的情況，均可造成沙眼傳播感染的機會。
因此，應加強宣傳教育，把防治眼病的知識傳給群眾，貫徹預防為主的方針。培養良好衛生習慣。不用手揉眼，毛巾、手帕要勤洗、曬干；托兒所、學校、工廠等集體單位應分盆分巾或流水洗臉，對沙眼病人應積極治療，加強理發室、浴室、旅館等服務行業的衛生管理，嚴格毛巾、臉盆等消毒制度，並注意水源清潔。