腦癱伴斜視的原因大致有幾下幾種：
1.出現由眼肌解剖學異常所致的肌纖維化等眼肌本身異常及眼球附著部的異常。
2.支配眼球輻辏和外展功能的眼肌神經活動不平衡。例如，輻辏過強外展過弱時當然會出現內斜視，而輻辏過弱外展過強時則必定出現外斜視。
3.遠視。有某種程度以上的嚴重遠視時，為了看清物體，不經常進行調節就看不到。一做調節，通過近視反應，同時發生輻辏，同時出現內斜視，這種現象被稱為調節性內斜視。
4.兩眼視覺異常。兩眼視覺是同時使用兩眼看物體的功能。兩眼視覺功能出生後並不完備，而是出生後早期體驗看物體的過程中自然發育來的。在兩眼視覺發育過程中，如果發生障礙，便可造成斜視。同時，為了形成正確的視覺功能，兩眼必須有某種程度以上的視力。一眼或兩眼的視力不良，即兩眼的視覺功能發生障礙，從而造成斜視。
從斜視類型上看，由輻辏及外展散開功能的不平衡引起的調節性內斜視特別多見於腦癱。這是由於腦癱屈光異常的遠視者多見，因此常常發生調節性內斜視。