干眼症原因大致可分原發性及續發性兩種。原發性指的是自己淚腺功能不足，並非由其它身體疾病引起；續發性則為病人本身可能有其它原因引起干眼症，例如有自體免疫疾病造成身體產生抗體攻擊淚腺，或淚腺腫瘤及外傷等問題。
干眼症原因
1、眼睛水液層淚腺淚液分泌不足：是最常見之干眼原因；先天性無淚腺、年紀老化淚腺功能降低，或是一些自體免疫疾病造成淚腺發炎、外傷、感染、自律神經失調、長期點某些眼藥水(如某些治療青光眼之藥物)或是服用某些藥物(如抗抑郁藥、抗組胺藥、利尿劑、降血壓藥、麻醉劑、抗潰瘍藥等)，都會造成淚液分泌不足；至於長期戴隱形眼鏡，由於減少角膜之敏感度，有時也會影響淚液之分泌。
2、眼睛油脂層分泌不足：由於眼睑疾病造成眼睑皮脂腺功能不良。
3、眼睛粘液素層分泌不足：缺乏維他命Ａ、慢性結膜炎、類天疱瘡、化學性灼傷等等。
4、眼睛淚液過度蒸發、淚膜分布不均勻：眼睑疾病造成眼睑閉合不良，眨眼次數減少(如長時間專心開車、一直盯著看電視、打計算機而減少眨眼次數)、長時間在冷氣房工作或戶外強風燥熱之工作環境。
5、生活環境污染長期在煙霧、粉塵、刺激性氣體環境中生活或工作，在空氣不流通的空調房內時間過長，以及駕車、在黑暗的房間內看電影，可引起瞬目間隔期暴露眼表面積增大及瞬目減少、引起干眼症。
6、絕經期、懷孕期、哺乳期及口服避孕藥的婦女。因激素水平的改變可產生干眼症狀。