較重的沙眼，會引起各種合並症及後遺症，嚴重影響視力，甚至造成失明。當沙眼衣原體侵入結膜上皮細胞層時，結膜上皮發生病變，表層細胞壞死脫落，深層細胞就大量增生並有血管新生，使結膜表面出現粗糙的微小凸起的乳頭。有時淋巴細胞在結膜上皮下聚集成團，形成比乳頭稍大的圓形隆起，呈珠光狀小泡，稱為濾泡。
隨著沙眼病情的進展，乳頭、濾泡逐漸消失，結締組織增生，睑結膜出現白色線狀、網狀、片狀疤痕組織。由於疤痕收縮，使睑板變成弓形彎曲，於是引起眼睑內翻、倒睫。眼睫毛磨擦刺激角膜，引起角膜疼痛，怕光、流淚、使角膜發炎。
沙眼病變常侵犯透明的角膜，微小血管由角膜上緣侵入角膜內，在血管頂端有灰色浸潤點，醫學上叫角膜血管翳，嚴重時可形成潰瘍，影響視力，甚至失明。沙眼病變也常破壞結膜的腺體和淚腺，使眼睛不能產生眼淚，引起角膜干燥而混濁。也常侵犯淚道粘膜，使淚道通暢，淚液淤帶，發生慢性淚囊炎。
[治法]：清熱利濕，涼血祛瘀川連12白花蛇舌草15土茯苓18生地12丹皮12升麻10防風12赤芍15白芷9黃芩15當歸8大黃6野菊花15桑葉12蘆根15