先天性白內障大約有1/3的病人有遺傳因素，最常見的為常染色體顯性遺傳，有的表現為不規則的隔代遺傳；隱性遺傳多與近親婚配有關。
非遺傳性白內障是在胚胎發育過程中由於局部或全身障礙引起的晶狀體混濁：孕期胎兒宮內病毒感染，尤其是近年來由於早孕期感染風疹病毒致白內障的高發病率已引起高度重視，發生在妊娠2月內風疹感染所致的白內障發病率可達100％。營養不良及代謝障礙是兒童白內障的另一主要原因，如母體妊娠期糖尿病、甲亢、貧血、低鈣、低維生素A、晚期缺氧等，以及新生兒代謝紊亂如低血糖、甲狀旁腺功能低、半乳糖血症等。一些理化因素也是病因之一，如出生後因各種危重疾病長時間吸入高壓氧、接觸射線等。