(1)局部治療
1)沖洗結膜囊：結膜囊內有分泌物時，應進行沖洗，其作用主要是清潔，所用清洗劑應為無刺激性，常用者為生理鹽水、2%~3%棚酸溶液或1 : 5000~ 1 : 10000 升汞(或高錳酸鉀)溶液，用洗眼壺沖洗。沖洗液須有適宜的溫度。沖洗時，翻轉眼睑，沖洗結膜面，同時用手指推動上下臉，使穹窿的分泌物也被沖出，同時頭轉向同側，避免沖洗液流人對側眼。
2) 不要遮蓋患眼：因結膜炎時分泌物很多，如果把患眼遮蓋，分泌物不易排出，而集存於結膜囊內;且遮蓋後會使結膜囊溫度升高，更有利於細菌的繁殖，使結膜炎加劇。如果病人畏光，可戴遮光眼鏡。
3) 局部用藥：①抗菌藥物或抗病毒滴眼劑:根據病原學診斷，選擇相應的治療藥物。②眼膏:眼膏的藥物濃度高，作用時間長，適用於睡前塗。③腐蝕劑：腐蝕劑有很強的殺菌力，同時也腐蝕結膜表層組織引起壞死，如硝酸銀，應用時直接塗抹患處，切不可觸及角膜，塗後應立即用生理眼水沖洗。常用0.5~1% 硝酸銀，滴眼時要翻轉眼睑，將眼液滴於睑結膜上，滴眼後稍停片刻，即用生理鹽水沖洗.或用棉簽蘸少量藥液，塗於睑結膜表面，隨即用生理鹽水沖洗。對於急性期分泌物多者，效果很好，但不可長期應用。
(2) 全身治療
對於嚴重的結膜炎，如淋球菌性結膜炎、沙眼等，需結合全身用藥治療。