結膜炎的臨床特征明顯，診斷並不困難，但由於結膜炎的病因的多樣性，相互之間的鑒別診
斷尤為重要，以下三個環節不容忽視。
1.臨床檢查是最基本、也是最重要的，首先根據患者的發病過程和臨床表現可有一初步判斷，如感染性結膜炎通常是雙眼發病，並可累及家人;大多數急性病毒性結膜炎最先是一眼發病，而後另眼發病;沙眼的病變以上睑為主;而病毒所致的急性濾泡性結膜炎則是以下睑為主;細菌性結膜炎的卡他症狀更為顯著;淋球菌所致的炎症則出現大量的膿性分泌物;這些病變特點皆有助於診斷。
2. 結膜刮片的革蘭染色和姬姆薩染色初步確定病原菌的種類和結膜的炎症反應特點，如果以多形核白細胞的浸潤為主，常提示細菌或衣原體感染;如單核細胞增多或出現多核巨細胞，可能是病毒性感染;如上皮細胞胞漿內有包涵體，井有淋巴細胞、漿細胞，則提示衣原體感染。
3. 結膜的細菌學檢查結膜刮片和分泌物的細菌培養和藥敏試驗，有助於病原學的診斷和指導治療，如考慮是衣原體或病毒感染，可做實驗室病原體分離或應用PCR 技術幫助診斷。