1、一般治療 脫離過敏源是最理想的治療手段，但有時很難辦到。應盡量避免與可能的過敏源接觸。如清除房間的破布和毛毯，注意床上衛生，使用殺蟲劑消滅房間的蟲螨，在花粉傳播的季節避免呆在農村，盡量避免接觸草地，停用或更換優質的接觸鏡與護理液等。
眼睑冷敷可以暫時緩解症狀。用生理鹽水沖洗結膜囊可以中和淚液的pH值，稀釋淚液中的抗原。佩戴深色眼鏡，減少陽光刺激；炎熱季節住空調冷房及呆在涼爽、干燥氣候的地區或高緯度地區對春卡及異位性角結膜炎的治療有一定的幫助。建議病人不要揉眼，以免導致肥大細胞降解和角膜上皮損傷。
2、藥物治療
1）抗組胺藥 主要針對組胺H1受體而發揮作用，它的療效通常優於肥大細胞穩定劑，特別是在過敏性結膜炎發作期，常用的藥物有：0.1％依美斯汀、0.05％左卡巴斯汀0.1％奧洛他定等， 如有眼外症狀，可以口服抗過敏藥，不過其效果不如局部用藥。口服給藥常用的有苯海拉明、撲爾敏、異丙嗪等，但應注意副作用。
抗組胺藥和血管收縮劑聯合應用，療效更佳，目前已有一些抗組胺藥與血管收縮劑的復合劑，如潤潔，那達素等。
2）肥大細胞穩定劑：通過抑制細胞膜鈣通道發揮作用。它可以阻止因抗原與肥大細胞膜上的IgE交聯而引起的炎症介質的釋放。常用的藥物有色甘酸鈉及奈多羅米等。總體療效不及抗組胺藥，但其對抑制流淚似乎更有效。起作用相對較慢，對已發作的患者治療效果要差。但該藥通常沒有明顯的副作用，如病情需要可較長時間使用。
3）非甾體抗炎藥：為環氧化酶的抑制劑，它可以抑制前列腺素的產生及嗜酸性粒細胞的趨化等，在過敏性疾病發作的急性階段及間歇階段均可使用。它對緩解眼癢、結膜充血、流淚等眼部症狀和體征均顯示一定的療效。常用的藥物有消炎痛、雙氯芬酸鈉、阿司匹林等。
4）血管收縮藥：局部使用血管收縮劑（如腎上腺素、奈甲唑啉、氧甲唑啉、四氫唑啉等）可抑制肥大細胞及嗜酸性粒細胞脫顆粒，靶細胞釋放生物活性物質，從而改善眼部不適，減輕眼表充血，但不宜長期使用。
5）糖皮質激素：局部使用糖皮質激素具有抑制肥大細胞介質的釋放，阻斷炎症細胞的趨化性，減少結膜中肥大細胞及嗜酸性粒細胞的數量，抑制磷脂酶A2，從而阻止花生四烯酸及其代謝產物的產生等多種功能。其對遲發型超敏反應亦有良好的抑制作用。
糖皮質激素使用的時間不宜太長，以免引起白內障、青光眼、單疱病毒感染、真菌感染及角膜上皮愈合延遲等並發症，常用的有地塞米松、倍他米松及氟米龍等，其中氟米龍引起的高眼壓發生幾率相對較低。
6）免疫抑制劑：主要有環孢霉素A及FK506。局部應用環孢霉素A可以很快控制局部的炎症及減少激素的使用量。但停藥後2～4個月後炎症往往復發。FK506可以抑制IL -2基因轉錄及IgE合成信號傳遞通路。試驗研究表明，在過敏性結膜炎發作前局部應用FK506，可以減輕過敏性結膜炎的發生及抑制肥大細胞脫顆粒。
3、脫敏治療 此法主要用於季節性過敏性結膜炎，對於其他亞型的過敏性結膜炎，其治療效果往往並不理想。因而很少采用。
4、冷凍療法 主要用於春季結角膜炎。可導致大量的肥大細胞降解從而使得病情在一段時間內得到平息。常用於上睑結膜將溫度降至－80℃～－30℃，持續30秒鐘。冷凍治療可重復使用2～3次。
5、心理治療 眼過敏性疾病是一種急性或慢性的反復發作性疾病，徹底治療常常非常困難，因此，對一些患者（特別是兒童）造成較大的心裡壓力，可能會出現一些心理障礙，應加以注意，必要時應就診心理醫生。
6、並發症的治療 遺傳性過敏性角結膜炎常常導致結膜纖維化及睑球粘連，這些可以通過粘膜移植及穹窿部再造取得一定的治療效果。一些春季角結膜炎及異位性角結膜炎可產生嚴重的角膜並發症而危害視力，必要時可以考慮采用角膜移植進行治療。