結膜炎的治療，若是急性病毒性結膜炎，可點用類固醇(可地松)眼藥水，以減輕病情。細菌性結膜炎，則須投與抗生素藥水、藥膏，甚至口服或注射抗生素。
治療慢性結膜炎，必須先找出原因。若是環境刺激原引起的，則盡量減少接觸刺激源，如減少到公共場所(尤其是密閉室內)、減少接觸吸煙及燃燒廢棄物之煙灰。若是過敏原引起的，則避免接觸花粉、油漆、灰塵。
若長期使用眼藥水或眼藥膏所引起的，可先停用眼藥一段時間，點用不含藥物及防腐劑之眼藥水(如生理食鹽水或人工淚液)；而以毛巾熱敷眼部(閉眼睛)一天三至四次，每次五至十分鐘，也是簡單易行而有效之方法。
若是慢性眼睑炎引起的，則治療要花一段時間。將眼睑緣之分泌物清理干淨；擠壓睑板腺；以嬰兒洗發精洗淨睫毛毛根(每天三、四次)；熱敷並點消炎藥膏等方法都有助益。
此外須特別提醒的是，結膜炎雖不是什麼大毛病，但結膜炎並不是“眼部充血”的唯一原因。眼部充血除了結膜炎外，也要考慮是眼部其它疾病，如角膜破皮、虹彩炎、青光眼、角膜潰瘍或是眼睛內部發炎等眼疾之警訊，不可以大意。
具體方法：
1.執行眼部接觸隔離。
2.分泌物多者，用生理鹽水、硼酸水或抗生素溶液沖洗結膜囊每日數次，並滴或塗磺胺類、抗生素溶液或眼膏，4～6／d。也可用1％硝酸銀塗布睑結膜，隨即用生理鹽水沖洗，1／d。
3.炎症嚴重或分泌物多，局部治療療效不佳者，可全身用磺胺藥或抗生素。
4.對流行性出血性結膜炎可用生理鹽水沖洗，3／d，1％～5％鹽酸嗎啉胍溶液及類固醇液滴眼等治療。 如伴有全身症狀， 可請傳染科會診。醫護人員接觸患者後，應用0.1％過氧乙酸溶液洗手，防止交叉感染。
5.對流行性結膜角膜炎，可用1：4000高錳酸鉀液洗眼，每日數次，並可選用1％～5％鹽酸嗎啉胍溶液、0.1％疱疹淨(IDU)液、0.05％環胞苷液、抗生素眼膏或溶液等滴眼。
6.有角膜並發症時，按角膜炎處理。
7.急性結膜炎症狀消退後，須繼續滴藥1周，但次數可酌情減少。
8.慢性結膜炎注意病因治療， 如有慢性淚囊炎者應先治療， 找不到原因者可加用0.5％硫酸鋅等滴眼。
9.泡性結膜炎、春季卡他性結膜炎，可加用類固醇、冷凍療法等治療。