1、執行眼部接觸隔離。
2、分泌物多者，用生理鹽水、硼酸水或抗生素溶液沖洗結膜囊每日數次，並滴或塗磺胺類、抗生素溶液或眼膏，4～6／d。也可用1％硝酸銀塗布睑結膜，隨即用生理鹽水沖洗，1／d。
3、炎症嚴重或分泌物多，局部治療療效不佳者，可全身用磺胺藥或抗生素。
4、對流行性出血性結膜炎可用生理鹽水沖洗，3／d，1％～5％鹽酸嗎啉胍溶液及類固醇液滴眼等治療。 如伴有全身症狀， 可請傳染科會診。醫護人員接觸患者後，應用0.1％過氧乙酸溶液洗手，防止交叉感染。
5、對流行性結膜角膜炎，可用1：4000高錳酸鉀液洗眼，每日數次，並可選用1％～5％鹽酸嗎啉胍溶液、0.1％疱疹淨（IDU）液、0.05％環胞苷液、抗生素眼膏或溶液等滴眼。
6、有角膜並發症時，按角膜炎處理。
7、急性結膜炎症狀消退後，須繼續滴藥1周，但次數可酌情減少。
8、慢性結膜炎注意病因治療， 如有慢性淚囊炎者應先治療， 找不到原因者可加用0.5％硫酸鋅等滴眼。
9、泡性結膜炎、春季卡他性結膜炎，可加用類固醇、冷凍療法等治療。