有的新生兒在生後2~10天出現了眼睑明顯水腫、充血，結膜（附著於白眼球表面和眼睑內側的一層膜）充血、水腫，並伴有大量膿性分泌物，這是患了新生兒結膜炎。
新生兒結膜炎是新生兒在分娩時受產道分泌物的感染而發生的，病原體多見為沙眼衣原體或淋球菌感染。新生兒淋球菌性結膜炎多由於接觸母親尿道或陰道分泌物而感染，潛伏期短，常僅數小時至數日發病，眼睑紅腫，不能睜開，分泌物為黃色膿性，量多，不斷溢出，睑結膜水腫充血明顯，有小點狀出血及偽膜。為預防此病的發生，最好在產前治愈產婦的淋菌性尿道炎或陰道炎。新生兒衣原體性結膜炎多在產道中受感染，潛伏期5~10天，表現為結膜充血、肥厚，乳頭增生，分泌物多，呈膿性。
已經患了結膜炎的寶寶，如果單眼發病，應給健眼戴上透明眼罩加以保護，注意眼罩的鼻側要密封，以防被患眼波及。眼罩一定要透明的，否則被遮蓋的眼有可能因短期內接受光刺激減少而發生弱視。對患眼，淋球菌性結膜炎膿性分泌物多時，影響滴入藥物的吸收，可用生理鹽水或3%硼酸溶液沖洗結膜囊，每30分鐘至1小時1次，直至分泌物減少為止，並用眼藥水點眼；淋球菌對青霉素高度敏感，全身可靜脈點滴青霉素治療；患兒用過的物品要嚴格消毒，以防交叉感染。新生兒衣原體性結膜炎可用10%磺胺醋酰鈉或1%利福平眼藥水滴眼，每日4次，睡前可用紅霉素軟膏塗眼。