基質性角膜炎是位於層內的炎症，屬非潰瘍性的深層角膜炎。
診斷依據：
（1）又名角膜實質炎，是一種非潰瘍性角膜炎。
（2）角膜刺激症狀重。疼痛、流淚、羞明顯著、視力減退。
（3）睫狀充血。
（4）角膜基質有浸潤，呈灰白色霧狀混濁，不形成潰瘍，伴有毛刷樣深層新生血管。此種病變首先出現在局部角膜周邊，繼而環繞角膜四周，不斷向中央擴展，角膜新生血管密集處，角膜呈暗紅色毛玻璃狀混濁。
（5）伴有虹膜睫狀體炎。
（6）病因分類：梅毒性：多為雙眼，角膜彌漫性混濁，可累及整個角膜，呈灰白色毛玻璃狀。常伴有先天性梅毒的其他體征（如鞍鼻、哈欽森牙等），血清康華反應陽性；結核性：多為單眼，角膜呈結節狀混濁，多限於下方，呈灰黃色，形似基質潰瘍。