難治性青光眼(refractoryglaucoma)一般指那些藥物難以控制眼壓，而做常規手術預後不好的青光眼，如既往濾過性手術失敗的青光眼、青少年型青光眼、無晶狀體性青光眼、有較長期用藥歷史的青光眼、新生血管性青光眼、以及某些繼發性青光眼。
難治性青光眼常規濾過性手術之所以難以控制，是因為存在以下復雜因素：多次手術失敗的青光眼患者可能屬於對創傷有超強愈合反應的個體；青少年多具有肥厚的眼球筋膜和活躍的創傷愈合反應；無晶狀體眼的玻璃體可釋放成纖維母細胞刺激素，促使瘢痕形成。
新生血管性青光眼術後濾過道常有新生血管及血管性結締組織膜生長，使其阻塞；炎症尚未完全平靜的葡萄膜炎繼發性青光眼，術後組織反應強烈，血-房水屏障破壞，纖維連接蛋白和生長因子釋放，可激活成纖維母細胞增生，使濾過道瘢痕化。
為了提高難治性青光眼的手術成功率，可在術中或術後應用抗代謝藥（如絲裂霉素-C、5-氟尿嘧啶）以抑制成纖維母細胞的增殖，也可采用房水引流裝置，如Molteno裝置，Ahmed青光眼閥門，由一硅膠管將房水引流至安置於眼球後方的盤片下，形成一個“房水蓄積池”，最後房水擴散至眼球後部組織並被毛細血管和淋巴管吸收。