沙眼是一種慢性，頑固性眼病.必須長期不間斷給藥，持之以恆，白天點眼藥水3～4次，晚上塗眼藥膏，堅持治療3個月至半年，方能奏效，治療方法包括以下4個方面：
(1)局部點藥法可選用10%~30%磺胺醋酰鈉眼藥水(斑馬眼藥水)，0.1%肽丁胺眼藥水等，0.1%利福平眼藥水.0.25%氯霉素眼藥水.0.1%無環鳥甘眼藥水等，白天點眼3～4次，晚上塗四環素，土霉素或金霉素眼藥膏，也可選用中藥化鐵丹眼藥水，10%黃連眼藥水，每日滴眼數次.
(2)局部塗擦或濾泡擠壓法對瘢痕期的沙眼，可采用硫酸銅棒塗擦，直接塗擦病變表面注意勿觸及角膜，塗擦完畢後用生理鹽水沖洗，對有大量濾泡的沙眼可進行濾泡擠壓術(俗稱刮沙眼)，將濾泡和乳頭壓平，以提高用藥療效，一般采用濾泡壓搾器或用中藥海螵蛸棒作為摩擦工具，每周1次，2～3次即可見效，但不能根治，故仍應與藥物配合治療。
(3)口服藥物療法對輕症沙眼，一般主張局部點藥，對重症活動性沙眼或並發角膜潰瘍者，可配合口服磺胺藥或抗生素治療，常用復方新諾期0.5克，每日3次，或四環素，土霉素0.5克每日3次，連續2～3周，可達到較好效果，近年來使用強力霉素，也有較好效果，
手術療法主要針對沙上的嚴重並發症，如角膜血管翳，可采用燒灼法，用燒紅的大頭針在新生血管表面燒切，使其凝固，對有內翻倒睫的病人，應盡快施行內翻倒睫矯正手術，對嚴重的角膜白斑，視力明顯下降者可酌情考慮行穿透角膜移植術治療。