治療方法包括以下4個方面：
(1)局部點藥法：
可選用10%～30%磺胺醋酰鈉眼藥水(斑馬眼藥水)、0.1%肽丁胺眼藥水、0.1%利福平眼藥水、0.25%氯霉素眼藥水、0.1%無環鳥苷眼藥水等，白天點眼～4次；晚上塗四環素、土霉素或金霉素眼藥膏。也可選用中藥化鐵丹眼藥水、10%黃連眼藥水，每日滴眼數次。
(2)口服藥物療法：
對輕症沙眼，一般主張局部點藥，對重症活動性沙眼或並發角膜潰瘍者，可配合口服磺胺藥或抗生素治療。常用復方新諾明0.5克，每日3次；或四環素、土霉素0.5克，每日3次，連續2～3周，可達到較好效果。近年來使用強力霉素，也有較好效果。
(3)局部塗擦或濾泡擠壓法：
對瘢痕期的沙眼，可采用硫酸銅棒塗擦，直接塗擦病變表面，注意勿觸及角膜，塗擦完畢後用生理鹽水沖洗。對有大量濾泡的沙眼可進行濾泡擠壓術(俗稱刮沙眼)，將濾泡和乳頭壓平，以提高用藥療效。一般采用濾泡壓搾器或用中藥海螵蛸棒作為摩擦工具，每周1次，2～3次即可見效，但不能根治，故仍應與藥物配合治療。
(4)手術療法：
主要針對沙眼的嚴重並發症，如角膜血管翳，可采用燒灼法，用燒紅的大頭針在新生血管表面燒切，使其凝固。對有內翻倒睫(倒眼毛)的病人，應盡快施行內翻倒睫矯正手術。對嚴重的角膜白斑，視力明顯下降者可酌情考慮行穿透角膜移植術治療。
沙眼治療時間長、不易治愈的根本原因在於可發生重復感染。因此，預防沙眼十分重要，平時要搞好個人衛生，提倡一人一巾，毛巾、手帕經常洗曬，不用髒手擦眼睛，有條件時最好用流動水洗臉，或分別使用臉盆。