導致視神經萎縮的原因有4個：
1、外傷
視神經的直接損傷，如視神經的挫傷或撕脫。
2、細菌
葡萄球菌，肺炎球菌，腦炎球菌，布魯桿菌及分枝桿菌均可引起視神經感染，通過特殊染色可以證實。視神經組織損害和反應性結締組織增殖程度，與細菌和炎症強度有關，由於細菌和炎症導致視神經炎，後期會導致視神經萎縮。
3、病毒
病毒很少單獨感染視神經，常產生無菌性腦膜腦炎。視神經和視網膜可發生急性病毒感染，持續性病毒（如：亞急性硬化性全腦炎），及慢性病毒感染（如：kuru病）。帶狀疱疹病毒，流行性感冒及牛痘病毒均可能引起視神經炎，後期導致視神經萎縮。
4、真菌
由於全身病或經免疫制苭治療致免疫功能低下的病人對繼發感染敏感，尤其是霉菌。糖尿病病人血糖控制差或發生酸中毒者易感染藻菌，這種藻菌可通過被感染的副鼻窦入視神經，好侵犯血管腔血管阻塞而發生缺血性視神經病變，最後導致缺血性視神經萎縮。