濾過性手術術後早期及晚期都有可能產生並發症。
抗青光眼術後早期並發症有：
①淺前房及前房消失。這是最常見的並發症。常因濾過口引流過暢，脈絡膜脫離和手術創傷致房水生成抑制引起。處理方法：首先檢查結膜濾過泡有無滲漏，有孔洞時及時修補，無明顯滲漏可用一小棉枕置濾過泡相應眼睑上，繃帶加壓包扎，同時予散瞳，局部及全身使用皮質類固醇激素，靜滴高滲劑，也可口服醋氮酰胺。用上述方法治療5日無效，並出現角膜失代償、水腫時，應及時手術。最簡便的方法是前房注氣，可多次施行。無效時行脈絡膜上腔排液術。
②惡性青光眼。常發生在閉角型青光眼術後。急性發作後立即手術，手術時前房角一直關閉者易發。惡性青光眼一經診斷，立即予阿托品散瞳、β受體阻滯劑點眼、口服醋氮酰胺、20%甘露醇靜滴每6小時1次，可全身及局部用皮質類固醇激素。藥物治療5日未能緩解，前房淺，眼壓高者可試用氩激光經周邊虹膜缺損區行睫狀突切除術，用Nd：YAG激光切除玻璃體前界膜。仍不能控制者，行後鞏膜切開與前房注氣術，並作平坦部玻璃體切割術，必要時摘除晶體。
③虹膜炎。幾乎所有青光眼患者術後都有輕重不等的虹膜炎。予散瞳，局部或全身用皮質類固醇激素。應注意排除視網膜脫離、晶體損傷、異物或全身疾病。
④驅逐性脈絡膜出血。這是極為危險的征象，多發生在術中。表現為劇烈的眼痛，眼球變硬，高眼壓使切口破裂，瞳孔發黑，玻璃體、視網膜、脈絡膜均被逼出。術前眼壓控制不穩，高血壓患者易發。一旦出現，迅速作後鞏膜切開，在相當於睫狀體扁平部鞏膜上作“T”型或“L”型切開放出積血。全身用甘露醇靜滴，並用止血劑，壓迫包扎。
⑤濾泡不形成。常因虹膜嵌頓及疤痕閉塞濾過口引起。術後球結膜下注5-Fu5mg，每日1次。可預防疤痕形成。眼球按摩可迫使房水通過部分未閉的切口，也可用角膜緣杯吸法。
抗青光眼術後術後晚期並發症有：
①包裹狀濾過泡：球結膜下注5-Fu，局部類固醇點眼，眼球按摩，也可用Nd：YAG激光擊射筋膜囊，或將筋膜切除。
②白內障：成熟後摘除。
③感染：一旦可疑，應做眼睑、結膜囊的塗片和培養，全身用抗生素和皮質類固醇，球後段感染，須做玻璃體切割術。
④濾過泡破口：口服醋氮酰胺，加壓包扎，預防感染。
⑤交感性眼炎：對症治療。