眼科最常用的給藥方式是眼局部給藥，如將滴眼液(包括溶液、混懸液、乳劑等)、眼用凝膠或眼膏等滴入或塗入結膜囊內。如果眼部治療需要較高藥物濃度，可以采用眼局部注射方式，如球結膜下注射、眼內注射等。
結膜囊內給藥滴用滴眼液的方法通常是囑患者將頭部稍後仰或平臥，眼向上注視。滴藥者用手指輕輕向下牽開下睑，然後將藥液緩慢地滴入下穹窿部，一般滴用1滴即可。輕提上睑使藥液在結膜囊內充分彌散。囑患者輕輕閉合眼睑2～3分鐘。以干棉球拭去流出結膜囊的藥液。眼用凝膠和眼膏的給藥方法與滴眼液大致相同，將凝膠或眼膏塗入結膜囊的下穹窿部。用藥後輕輕閉眼和按摩眼球有助於藥物的擴散。
當兩種不同的滴眼液同時使用時，如果用完一種後馬上就用第二種，就會發生藥物被稀釋或藥物溢出結膜囊的情況。因此當需要同時使用兩種滴眼液時，應當在用完一種至少5分鐘後再用第二種。
滴入結膜囊的藥物可以通過結膜血管吸收，或者結膜囊中多余的藥物從鼻淚管流入鼻腔，由鼻黏膜吸收而進入全身循環，可以引發全身性效應，其程度與眼部給藥的劑型有很大關系。經鼻淚道流入鼻腔的藥物多與滴眼液有關，而很少與眼用凝膠和眼膏有關。當應用滴眼液時，用手指輕壓內眦部的淚囊區，可以明顯減少藥物經鼻淚道流入鼻腔的量，從而減少藥物引起的全身效應。
結膜囊沖洗在清除結膜囊內刺激物、異物或分泌物等急救處置時，可以應用眼用沖洗液沖洗結膜囊。通常使用的眼部沖洗液為無菌的0.9%氯化鈉溶液。在緊急情況下，也可以應用潔淨水作為眼部沖洗液。
結膜下注射為了有效地控制病情，或者結膜囊內給藥後療效不顯著時，抗感染藥、散瞳劑或糖皮質激素等可以采用結膜下注射方式來給藥。藥物通過角膜和鞏膜擴散到前房、後房和玻璃體內而發揮治療作用。結膜下注射的單劑量體積是有限的，通常不超過1ml。
眼內注射為了有效地控制病情和提高療效，必要時可以采用眼內注射的方式，包括前房內注射和玻璃體腔內注射來給藥。由於藥物的劑量-容積是有一定限度的，通常單劑量體積不超過0.3ml。由於眼內注射有可能發生一些嚴重的並發症，因此應當慎用。
全身給藥一些藥物，如抗菌藥和糖皮質激素，可以采用全身給藥的方式，來治療一些眼部易感的疾病。一些降眼壓藥物也需要采用全身給藥的方法，如口服乙酰唑胺、甘油鹽水，靜脈滴注高滲劑甘露醇等，來達到快速降低眼壓的目標。