沙眼衣原體是引起非淋菌性尿道炎的主要病原體，由前述可知，非淋菌性尿道炎的40%～50%是由沙眼衣原體感染引起的。沙眼衣原體感染目前已是西方國家最常見的性傳播疾病之一，發病人數增加很快，已超過淋病。在我國，沙眼衣原體感染的患病人數也在迅速增加。
沙眼衣原體的患病人群以青壯年為主。感染後，潛伏期為數天到數月，一般是1～3周。感染沙眼衣原體後婦女最常見的是引起化膿性宮頸炎，出現膿性白帶增多，可伴有外陰瘙癢。如果引起尿道炎時，約一半病人出現尿急、尿頻和排尿困難，與淋病性尿道炎不同的是，沙眼衣原體引起的尿道炎無尿痛症狀，或尿痛很輕微，可有少量的尿道分泌物。如果巴氏腺被感染，還能引起巴氏腺炎。一般而言，女性患者多數症狀很輕，或者沒有自覺症狀，因此常被忽略，容易造成本病的傳播。
婦科檢查可見宮頸充血、肥大，有粘液膿性分泌物。由於沙眼衣原體感染常與淋病合並存在，且症狀相似，因此臨床上要與淋病相鑒別。常規取宮頸分泌物或尿道分泌物塗片，經革蘭氏染色，如果未見到細胞內(外)革蘭氏陰性雙球菌，淋病雙球菌培養也為陰性，就可以排除淋病感染。
目前實驗室檢查衣原體的方法有：衣原體細胞培養法、衣原體細胞學檢查法以及衣原體酶免疫檢查法。其中以衣原體細胞培養法最敏感、最可靠。檢查取材時需將宮頸口分泌物拭淨，然後將拭子或細胞刷伸入宮頸管內1～15厘米，放置1～2分鐘並轉動，作宮頸管內細胞取材。
沙眼衣原體除能引起化膿性宮頸炎、陰道炎、尿道炎外，還能經生殖道上行感染，有可能引起急、慢性輸卵管炎，子宮內膜炎等盆腔炎症。治療沙眼衣原體感染多采用口服抗生素，可選用強力霉素每次100毫克，每日服2次，首次劑量加倍，連續服7天；或紅霉素每次0.5克，每日4次，連服7天；或美滿霉素每次口服100毫克，每日2次，連服10天。孕婦用藥可選紅霉素，服藥劑量、方法同前。
感染沙眼衣原體後在生活中要明確兩點，既要積極治療，又不要再將病原體傳染別人。
(1)積極治療是患者首先要重視的。由於服藥方便，服藥療程亦不很長，因此患者只要予以重視即能完成治療。患者的配偶應該同時參加檢查和治療。治療後需要復查以確認是否痊愈。
(2)患病期間禁止性生活，直到痊愈為止。
(3)平時注意個人衛生：外陰部保持清潔干燥，每日換洗內褲。由於沙眼衣原體不耐高溫，所用手巾、內褲可以煮沸消毒。個人的盆具個人使用，浴盆洗後及時消毒，不亂用別人的物品，以免造成疾病傳播。
(4)紅霉素可以用於孕婦的沙眼衣原體感染，安全性較好，因此孕婦患者也應該積極治療，以防感染胎兒。