葡萄膜炎如治療及時，措施得當，可不留任何並發症，但如果延誤治療時機，會使病情加重，引起嚴重的並發症。常見的並發症有：
(1)角膜水腫：這是由於炎症累及角膜內皮細胞，破壞角膜的水化作用所致。角膜帶狀混濁，多見於兒童的前葡萄膜炎，更多見於伴有青年類風濕性關節炎的慢性虹膜睫狀體炎患者。
(2)虹膜前、後粘連：嚴重者瞳孔緣全後粘連，引起瞳孔閉鎖和虹膜膨隆，瞳孔區被機化膜遮蓋，形成瞳孔膜閉。虹膜膨隆或前房角滲出物機化，使虹膜根部向前房角牽引可發生虹膜前粘連。以上情況都可引起繼發性青光眼。
(3)繼發性青光眼：由於瞳孔閉鎖，後房的房水無法經瞳孔區進入前房，引起後房壓力升高，眼壓急劇上升；同時也可以有虹膜周邊前粘連，堵塞房角，使濾過功能減退，導致眼壓升高；急性期前房水粘稠度增高，滲出物堵塞前房角，引起眼壓升高。
(4)並發性白內障：由於長期炎症刺激，影響晶體的營養及代謝，而引起晶體後囊及後皮質發生混濁。多見於慢性前葡萄膜炎和中間葡萄膜炎。
(5)玻璃體混濁：嚴重的虹膜睫狀體炎或後葡萄膜炎，常有玻璃體點狀、條狀或團塊狀混濁，位於玻璃體後部，隨眼球轉動而飄動，嚴重者影響視力。
(6)脈絡膜脫離：為滲出性，隨炎症消退而消失。
(7)視網膜及黃斑水腫、變性：後葡萄膜炎常有嚴重的視網膜和黃斑水腫，視網膜變為灰白色混濁，黃斑可形成彌漫性或囊樣變性，如持續時間久，可造成嚴重的視力減退。
(8)視神經改變：可並發視神經炎、視乳頭水腫和視乳頭新生血管形成。
(9)屈光不正：炎症活動期睫狀體痙攣，可出現近視；黃斑部水腫可引起一過性遠視。
(10)眼球萎縮：嚴重炎症最後形成睫狀膜牽引視網膜脫離、睫狀體萎縮、房水分泌減少、眼壓低下、眼球萎縮變小、視力完全喪失。