過敏性結膜炎是由於接觸過敏性抗原引起的結膜過敏反應，它主要是由IgE介導的I型變態反應。凡對特異性抗原有遺傳的或體質上易感的人，在接觸這種抗原時，可導致速發型或遲發型過敏性結膜炎，常伴有過敏性鼻炎等。
許多過敏性結膜炎都有自限性，因此治療的主要目的是減輕症狀和避免發生後遺症。脫離過敏原是最為有效的治療方法，應盡量避免與可能的過敏原接觸，例如注意床褥衛生、避免接觸花粉、停止配戴隱形眼鏡、保持室內空氣流通等。藥物治療除口服抗炎藥外，局部用雙效藥物滴眼即可取得較為滿意的療效，而具有組胺受體拮抗劑和肥大細胞穩定劑——奧洛他定滴眼液（帕坦洛）既能治療又可預防過敏性結膜炎，也是較為常用的藥物。通常在其他藥物無效情況下才會選用糖皮質激素，因其副作用較大，應在醫生指導下謹慎使用。除此之外，尚有脫敏治療、手術治療等。成人或小孩都可能受影響，但以小孩居多，特別是具有過敏體質的小朋友更容易發病。
治療過敏性結膜炎第一步是確定過敏原，並且立即去除過敏原，例如部分花粉過敏者，在花粉多的季節盡量少出門，或出門時帶上護目鏡等以減少過敏原進入眼睛，然而，大多數過敏性結膜炎並不一定能查出確切的過敏原，或是過敏原種類復雜，很難一一查出，而眼睛總不可能這就是過敏性結膜炎反復發作，不易徹底治愈的根本原因。
如果眼睑及其周圍皮膚出現皮疹、紅腫及滲液，可用3%硼酸液濕敷，每天2～3次。需要指出的是，藥物抗過敏治療只能控制過敏症狀，很難徹底治愈過敏性結膜炎，這也是過敏性結膜炎久治不愈的原因之一。好在過敏性結膜炎多有自限性，隨著患者的身體對環境的適應和抵抗力的增強，過敏症狀有望減輕。症狀特別嚴重，經過治療多年不愈的病人也可考慮易地療法，也就是從原先住的地區遷移到另外一個較遠的地區居住和生活，可能會收到較好的效果。這是因為遷移到了異地，脫離了原居住地的過敏原的緣故。
過敏性結膜炎的治療使用抗過敏滴眼藥，這種藥在症狀出現前預先使用，可以防止症狀出現。另外，症狀嚴重時使用腎上腺皮質激素（類固醇類）滴眼藥，這種藥作用強也很有效，但由於存在副作用，所以一定要在醫生指導下使用。