沙眼衣原體是非淋菌性尿道炎與非淋菌性宮頸炎的主要致病菌，近年來沙眼衣原體感染引起的這二種疾病發生率顯著上升，尤其在性活躍的青年婦女中發病率更高。長期持續感染還可以引起慢性盆腔炎，甚至擴展至上腹部引起急腹症。生殖道沙眼衣原體感染治療不徹底，雖可暫時無任何症狀，但沙眼衣原體可隱藏在宮頸管粘膜皺襞內，宮頸管存在沙眼衣原體的婦女懷孕後在妊娠和分娩過程中可發生以下一些危險。流產宮頸管沙眼衣原體陽性組流產率明顯高於陰性組，這與沙眼衣原體感染對胚胎的損害及存在子宮內膜炎症有關。
早產、胎膜早破這是由於沙眼衣原體感染使促進子宮收縮的前列腺素活化，加之由於上行感染產生絨毛膜炎羊膜炎使胎膜脆弱所致。低體重兒這與沙眼衣原體上行感染引起胎兒宮內感染或胎盤功能受損有關。
衣原體性新生兒結膜炎系經產道感染沙眼衣原體所致，最早發生於出生後第5天，多數發生於5—10天。衣原體性新生兒肺炎多於產後30天以後發生。由於兒科醫生對分娩情況缺乏了解致使開始時未選擇合理的藥物治療，造成治療延誤、病程遷延。
對於性活躍、多個性伙伴或曾發生過沙眼衣原體感染及高度可疑存在沙眼衣原體感染的孕婦，為預防妊娠過程危險的發生，在妊娠初期即應開始病原體檢查；為防止產道感染，孕婦應在分娩前，即36孕周進行衣原體抗體檢查，陽性者行抗原檢查。對抗原陽性者於分娩前2周進行藥物治療。