使用眼藥水應遵循3個原則：
1、每天4―6次：有人認為眼藥水量小，短時間多滴幾次效果會更好，但事實上，只要按照醫生的要求點藥就能達到效果，例如抗生素眼藥水，一般每天滴4―6次就可達到治療效果。過多使用不但對治療沒有幫助，有時甚至會產生不良反應，如阿托品或噻嗎心安眼藥水等，如果短時間內大量使用，可能會產生明顯的心血管系統反應，甚至危及生命。對於一些特殊的藥物，如激素類、降眼壓的藥物等，還需聽從醫生的囑咐，嚴格按照要求的次數和時間來點藥，不能擅自更改。
2、每次點1滴：每次多滴幾滴，是不是好得更快呢？實際上，結膜囊最多只能容納20微升的藥液。一般來說，1滴眼藥水的體積約30―40微升，因此每次點1滴就足夠了。而且，藥水過量還會增加防腐劑對角膜和結膜的刺激，引起淚液分泌增加，反而降低藥物濃度。
3、滴不同的眼藥水要間隔15分鐘：各種滴眼液所含的成分可能會不同，如果多種藥物同時滴入眼內，一旦各成分相互排斥或拮抗，會降低藥效甚至引起不良反應。
研究發現，滴眼藥水後2分鐘，眼球表面的藥物濃度會下降50%，5分鐘後下降至20%，15分鐘後濃度僅為最初的0。1%，也就是說，點眼藥水後15分鐘，藥物成分基本被吸收完全，此時再滴另一種眼藥水，才能使前後兩種眼藥水都被充分吸收，而且不會相互干擾。無論抗生素、抗病毒藥，還是治療白內障的眼藥水，都需要按此方法滴用。