預防結膜結石有以下幾點：
1、預防結膜結石的產生，要避免結膜受到刺激或慢性發炎，有結膜炎、干眼症、砂眼等眼疾要確實治療，有時雖不易根治，但請教眼科專科醫師確實遵守用藥及治療的原則，應可控制良好。無眼睛症狀也不一定要點眼藥來保養，因為我們的淚液就是結膜最好的保養液，有些眼藥中所含的成份反而對結膜是種刺激，久而久之，結膜結石就出現了。
2、隱形眼鏡配戴者，要注意鏡片的消毒保養，定期檢查眼睛，若不適合配戴隱形眼鏡，絕對不要勉強嘗試。野外工作及居住環境易受風沙肆虐的人，最好能配戴保護的眼鏡，避免風沙直接吹入眼睛。
3、由於眼結石多數因炎症而起，預防的措施就落在防止眼睛炎症上，著重避免結膜受刺激及發炎，有眼部不適時及時求醫治療。平時養成用眼衛生習慣，要保持眼睛濕潤，准備眼藥水隨時滴一滴，也可防異物進入眼睛。
一旦發現有結膜結石，也不必驚惶失措，它提醒您該注意結膜的健康了。只要能避免這些原因，應能減少結膜結石的產生。若無症狀則無需治療，只需定期追蹤即可。