玻璃體切割術有時會產生一些並發症，因此對手術所產生的並發症要進行預防，如果發生，要及時處理。玻璃體切割術常見的並發症有以下一些。
（1）角膜水腫：常發生在糖尿病患者。因為糖尿病患者角膜內皮細胞密度降低，若合並晶體切割更易發生，一般能自行消退。
（2）白內障：糖尿病患者術後易發白內障，有時可同時摘除白內障。灌注液的影響有時造成暫時性晶體混濁，最好用谷胱甘肽—碳酸氫鈉—林格氏液，切割頭不要靠近晶體後囊或對著晶體後囊切割，以免造成外傷性白內障。
（3）玻璃體嵌頓：玻璃體嵌頓於切口，可產生纖維血管膜，發生玻璃體牽引。因此應徹底清除切口可能存在的玻璃體。
（4）玻璃體出血：術中術後都可引起。術中出血可提高灌注液瓶以提高灌注壓，還可用水下電凝止血。術中術後對病變視網膜光凝可預防出血。術後出血大多能自行吸收，觀察3-6個月不吸收者可再次手術。
（5）青光眼：是術後常見並發症。若為一時性小梁水腫或炎症造成，藥物能控制。若為血影細胞性青光眼，先用藥物治療，頑固病例可作前房沖洗。術後也可發生新生血管性青光眼，藥物治療一般無效，可試行濾過術或睫狀體冷凍術。
（6）視網膜裂孔或視網膜脫離：術中照明不良，或組織分辨不清，切割頭直接吸引視網膜或牽拉與視網膜粘連的玻璃體條索時可能發生。故術時必須有良好的顯微鏡和接觸鏡，照明要充分，切割頭必須鋒利，不可牽拉條索。近視網膜切割時應用低吸力、高切割率。術時發現視網膜裂孔，用眼內激光作預防光凝。發生網膜脫離時可用眼內激光或冷凝封孔，玻璃體注氣，鞏膜外加壓，環扎等方法處理。
（7）眼內炎：較少見。按常規治療。亦可再行玻璃體切割術。
（8）交感性眼炎：與其它內眼手術發病率相當。對症治療。
（9）眼球萎縮：偶有發生。