治療沙眼的藥物可分局部點藥法和口服藥物療法。
口服藥物療法：治療沙眼多以局部給藥為主，但對症狀較重的活動性沙眼或並發角膜炎、角膜潰瘍者，可配合口服長效磺胺、土霉素、四環素等控制病症。
局部點藥法：治療沙眼的外用藥很多，可選用：30%磺胺醋酰鈉眼藥水(斑馬眼藥水)，0.1%肽丁胺眼藥水，0.25%氯霉素眼藥水，0.1%利福平眼藥水等。每日3~4次，晚上塗金霉素、四環素、土霉素眼藥膏。
除藥物治療外，治療沙眼還可根據需要采取1%硝酸銀局部塗布，沙眼濾泡壓出術，沙眼摩擦術，沙眼並發症的手術治療等治療方法。